Посольство Естонії розташовано в Пресненський районі Центрального адміністративного округу Москви за адресою Mалий Кисловський пер., 5. Раніше, з 1937 по 1993 рік, провулок називався Собіновскім, в честь оперного співака Собінова, який навчався тут. У 1994 році йому повернули стару назву, яка закріпилася за ним ще в XVII столітті.

Посольство займає двоповерхову будівлю № 5, в 1903 році збудоване за проектом архітектора Щеглова. Найближчими до нього станціями метро є «Арбатська», «Олександрівський сад», «Бібліотека імені Леніна».

Крім цієї дипломатичний місії у Естонії є генеральні консульства в Санкт-Петербурзі (вул. Велика Монетна, 14) для проживаючих в Карелії, Ленінградської, Архангельської, Вологодської, Мурманської, Новгородської областях, і Пскові (вул. Народна, 25) для Псковської області. Жителі Москви і інших регіонів на прийом з консульських питань повинні приходити за адресою Колишній пров., 8.